Chromium X正式亮相百邁客
今天該儀器已經(jīng)成功落地百邁客青島實(shí)驗(yàn)基地，流程已經(jīng)搭建完成，可以實(shí)現(xiàn)百萬(wàn)級(jí)別通量單細(xì)胞測(cè)序，廣泛應(yīng)用于大規(guī)模細(xì)胞圖譜、大量樣本藥物篩選等研究，深度挖掘罕見(jiàn)的細(xì)胞類(lèi)型和更多的細(xì)胞表型，提供更加全面、精準(zhǔn)、便捷的單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)。讓我們一起來(lái)見(jiàn)識(shí)百邁客是如何玩轉(zhuǎn)超高通量單細(xì)胞測(cè)序。
單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展使得人們能夠在單細(xì)胞水平深刻探索腫瘤疾病發(fā)展、以及生物學(xué)現(xiàn)象背后的分子機(jī)理，解決細(xì)胞異質(zhì)性的問(wèn)題。目前該技術(shù)已經(jīng)發(fā)表了3000+的文章，大多數(shù)都發(fā)在Nature、Cell、Cancer Cell等國(guó)際期刊，該技術(shù)也由原來(lái)幾百個(gè)細(xì)胞到上萬(wàn)個(gè)細(xì)胞通量的突破，然而近來(lái)單細(xì)胞測(cè)序的文章涉及到的樣本數(shù)、細(xì)胞數(shù)都在不斷增加，尤其是大規(guī)模單細(xì)胞圖譜繪制、腫瘤治療藥物篩選等研究，涉及到的樣本數(shù)量多（數(shù)十例到數(shù)百例不等）、組織類(lèi)型豐富、疾病分期復(fù)雜，動(dòng)輒都是接近上百萬(wàn)的細(xì)胞數(shù)，所以目前通量遠(yuǎn)遠(yuǎn)無(wú)法滿足現(xiàn)階段的單細(xì)胞水平研究需求。為此，百邁客第一時(shí)間與10x Genomics展開(kāi)合作，快速引進(jìn)10x Chromium X 超高通量單細(xì)胞系統(tǒng)，詳情可見(jiàn)百邁客引入10x Genomics Chromium X高通量單細(xì)胞新系統(tǒng)，邁上探索單細(xì)胞技術(shù)未來(lái)可能性的新臺(tái)階：
圖1 單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)發(fā)展中通量的變化
單細(xì)胞測(cè)序Chromium X系統(tǒng)
功能強(qiáng)大的單細(xì)胞Chromium X系統(tǒng)終于落地百邁客，也揭開(kāi)其神秘的面紗。該系統(tǒng)依舊是在Next GEM的微流控原理基礎(chǔ)上，全程自動(dòng)化分選、捕獲、標(biāo)記數(shù)十萬(wàn)個(gè)乃至百萬(wàn)個(gè)單細(xì)胞微滴，并通過(guò)10x Barcode條形碼識(shí)別每一個(gè)微滴，從而實(shí)現(xiàn)了單個(gè)細(xì)胞基因表達(dá)檢測(cè)。
圖2. 百邁客單細(xì)胞X平臺(tái)高顏值展示圖
（1）升級(jí)后的Chromium X系統(tǒng)有哪些改變呢？
Chromium X系統(tǒng)在通量上做了很大優(yōu)化，每張芯片有16個(gè)通道，可同時(shí)檢測(cè)16個(gè)樣本，每個(gè)通道可捕獲2000-20000個(gè)細(xì)胞，其捕獲率高達(dá)65%，并且其多細(xì)胞率低至0.4%/1000個(gè)細(xì)胞。該系統(tǒng)還可進(jìn)行混樣處理（CellPlex），每個(gè)通道捕獲細(xì)胞數(shù)可達(dá)到6萬(wàn)個(gè)，整個(gè)芯片16通道可望達(dá)到近百萬(wàn)個(gè)單細(xì)胞基因表達(dá)檢測(cè)，實(shí)現(xiàn)了百萬(wàn)級(jí)別單細(xì)胞測(cè)序。該系統(tǒng)還配備溫控裝置，可保持整個(gè)反應(yīng)在18-28℃，實(shí)驗(yàn)過(guò)程中可以較好的保證了RNA的穩(wěn)定性和數(shù)據(jù)的可靠性。
圖3. 超高通量單細(xì)胞捕獲技術(shù)原理示意圖
（2）Chromium X系統(tǒng)與Controller系統(tǒng)有哪些差異？
（3）Chromium X系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)流程如何？
超高通量單細(xì)胞測(cè)序包含：樣本解離、細(xì)胞懸液制備、樣本標(biāo)記、細(xì)胞分選、細(xì)胞標(biāo)記、反轉(zhuǎn)錄、文庫(kù)構(gòu)建、測(cè)序、生信分析等過(guò)程，可以一次性完成幾十例樣本超高通量單細(xì)胞測(cè)序。
圖4. Chromium X系統(tǒng)單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)流程
（4）Chromium X系統(tǒng)兼容性如何？
在任何水平上匹配單細(xì)胞研究的規(guī)模，可分析數(shù)百至百萬(wàn)級(jí)的細(xì)胞，其兼容性更是可以支持所有的單細(xì)胞系列檢測(cè)，包括單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞免疫組庫(kù)、單細(xì)胞ATAC、單細(xì)胞多組學(xué)ATAC +基因表達(dá)、單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組，以及細(xì)胞表面蛋白檢測(cè)、CRISPR分析，靶基因檢測(cè)和CellPlex混樣測(cè)序。
圖5. Chromium X系統(tǒng)兼容所有單細(xì)胞測(cè)序
單細(xì)胞Chromium X系統(tǒng)可兼容單細(xì)胞系列產(chǎn)品，且與Controller系統(tǒng)數(shù)據(jù)保持極強(qiáng)的相關(guān)性。以下分別展示利用PBMCs捕獲10000個(gè)細(xì)胞/細(xì)胞核Chromium X和Controller系統(tǒng)的數(shù)據(jù)分析比較：
圖6. Chromium X系統(tǒng)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
圖7. Chromium X系統(tǒng)單細(xì)胞免疫組庫(kù)數(shù)據(jù)分析
圖8. Chromium X系統(tǒng)單細(xì)胞ATAC數(shù)據(jù)分析
圖9. Chromium X系統(tǒng)單細(xì)胞多組學(xué)ATAC+基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析
Chromium X系統(tǒng)優(yōu)勢(shì)
超高通量
一次可檢測(cè)16個(gè)樣本，最多可捕獲近百萬(wàn)細(xì)胞，使用Chromium X的高通量單細(xì)胞基因表達(dá)和免疫分析解決方案，支持大規(guī)模研究。
超低成本
大規(guī)模樣本檢測(cè)、混樣測(cè)序可實(shí)現(xiàn)大量樣本的并通道精測(cè)，大大降低實(shí)驗(yàn)成本，優(yōu)化了實(shí)驗(yàn)周期。
超高的靈活性
可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求和規(guī)模開(kāi)展任何 10x Genomics 單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)，并具有通量靈活性，可分析數(shù)百至百萬(wàn)級(jí)的細(xì)胞。
超低多胞率
單細(xì)胞捕獲的多胞率從0.8%/1000個(gè)降低到0.4%/1000個(gè)，性能實(shí)現(xiàn)了成倍提升，增加了數(shù)據(jù)真實(shí)性和準(zhǔn)確性。
更加穩(wěn)定
增加了自動(dòng)控溫系統(tǒng)（18-28℃），可以保護(hù)反應(yīng)過(guò)程中RNA穩(wěn)定性，增加了數(shù)據(jù)的可靠性。
操作簡(jiǎn)單
自動(dòng)溫度控制減少了實(shí)驗(yàn)的可變性，只需按一下按鈕即可獲得直觀的用戶界面。
超高通量單細(xì)胞測(cè)序應(yīng)用方向
單細(xì)胞圖譜
大規(guī)模單細(xì)胞圖譜繪制，大量多樣本，多器官，多疾病模型進(jìn)行超高通量單細(xì)胞研究，實(shí)現(xiàn)了細(xì)胞類(lèi)型的全面精準(zhǔn)分群和鑒定。
腫瘤疾病
為腫瘤微環(huán)境的復(fù)雜性、疾病時(shí)期多樣性提供高效的超通量單細(xì)胞測(cè)序，發(fā)現(xiàn)不同時(shí)期更多的腫瘤細(xì)胞群，以及挖掘新的腫瘤標(biāo)志物，精準(zhǔn)輔助治療。
生長(zhǎng)發(fā)育
不同時(shí)間、不同部位器官發(fā)育的研究涉及上十萬(wàn)、甚至上百萬(wàn)細(xì)胞，發(fā)現(xiàn)發(fā)育過(guò)程中的稀有細(xì)胞類(lèi)型，繪制完整的細(xì)胞發(fā)育軌跡。
免疫調(diào)控
疾病的免疫調(diào)控需要更多的細(xì)胞類(lèi)型和細(xì)胞數(shù)目，檢測(cè)不同的TCR/BCR克隆型，甚至探索稀有的TCR/BCR克隆型，豐富免疫細(xì)胞表型，挖掘更多的細(xì)胞互作調(diào)控機(jī)理，篩選抗體，加速疫苗研發(fā)。
應(yīng)用實(shí)例1：超高通量單細(xì)胞圖譜繪制
單細(xì)胞基因表達(dá)HT產(chǎn)生的數(shù)據(jù)可與標(biāo)準(zhǔn)分析的數(shù)據(jù)相比較，在每個(gè)細(xì)胞成本降低的情況下，細(xì)胞數(shù)量增加了一倍，更利于鑒定更多的細(xì)胞表型和分子調(diào)控機(jī)制。
圖10. PBMCs樣本的標(biāo)準(zhǔn)通量和超高通量的數(shù)據(jù)分析
應(yīng)用實(shí)例2：超高通量單細(xì)胞非小細(xì)胞肺癌的應(yīng)用
采用 Chromium X系統(tǒng)的3’CellPlex對(duì)7個(gè)非小細(xì)胞肺癌患者進(jìn)行混樣標(biāo)記后，上一個(gè)通道分別進(jìn)行Single Cell Gene Expression HT & Single Cell Gene Expression (standard)測(cè)序分析， Chromium X系統(tǒng)具有更高的捕獲率，并且兩者均可獲得較高的基因檢出率。
圖11. 非小細(xì)胞肺癌超高通量單細(xì)測(cè)序基因檢出率
細(xì)胞注釋?zhuān)色@得不同樣本詳細(xì)細(xì)胞類(lèi)型，直觀比較不同樣本細(xì)胞豐度和基因表達(dá)差異性，并且超高通量單細(xì)胞測(cè)序更易于鑒定罕見(jiàn)細(xì)胞類(lèi)型和挖掘腫瘤細(xì)胞分子標(biāo)志物。
圖12. 不同患者腫瘤細(xì)胞類(lèi)型豐度和基因表達(dá)差異比較
送樣要求
百邁客優(yōu)勢(shì)
a:項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富：?jiǎn)渭?xì)胞已經(jīng)累積物種種類(lèi)30+種，組織樣本類(lèi)型150+種，樣品數(shù)量4000+個(gè), 積累了大量的經(jīng)驗(yàn)。
表1 百邁客單細(xì)胞部分項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)
圖13.百邁客單細(xì)胞懸液制備項(xiàng)目實(shí)例（部分）
圖14. 百邁客植物原生質(zhì)體制備項(xiàng)目實(shí)例（部分）
b:設(shè)備齊全：同時(shí)具有Chromium X和Controller雙系統(tǒng)，可提供低通量、標(biāo)準(zhǔn)通量、超高通量單細(xì)胞測(cè)序，擁有設(shè)備儀器；
c:強(qiáng)大的生信分析：可提供基本分析和高階分析，滿足個(gè)性化調(diào)整
d:全面的百邁客云平臺(tái)-單細(xì)胞+空間轉(zhuǎn)錄組APP：便捷實(shí)時(shí)查找結(jié)題報(bào)告，一鍵下載；簡(jiǎn)潔4步操作可實(shí)現(xiàn)主流程分析；實(shí)惠可購(gòu)買(mǎi)次賬號(hào)，自主分析。
e:空間轉(zhuǎn)錄組&單細(xì)胞聯(lián)合分析：空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)聯(lián)合分析，可近似實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞分辨率空間轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)特征，交互式分析。
f:百邁客單細(xì)胞X平臺(tái)可提供的服務(wù)：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞免疫組庫(kù)、單細(xì)胞ATAC、單細(xì)胞多組學(xué)ATAC+基因表達(dá)、單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組以及混樣測(cè)序服務(wù)。
全國(guó)功能基因組學(xué)高峰論壇邀您來(lái)會(huì)
分會(huì)場(chǎng)一：?jiǎn)渭?xì)胞空間時(shí)空多組學(xué)領(lǐng)域前沿研究論壇
分會(huì)場(chǎng)二：動(dòng)物功能基因組學(xué)研究
分會(huì)場(chǎng)三：植物功能基因組學(xué)研究
分會(huì)場(chǎng)四：疾病多組學(xué)前沿研究論壇
分會(huì)場(chǎng)五：微生物功能基因組學(xué)研究
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